Khoa Truyền Nhiễm ra đời ngay sau khi giải phóng miền Nam, thống nhất đất nước. Trong quá trình hình thành và phát triển Khoa đã không ngừng lớn mạnh về mọi phương diện từ cơ sở vật chất, trang thiết bị y tế cùng với đội ngũ Y Bác sĩ nhiều kinh nghiệm và không ngừng học tập nâng cao trình độ chuyên môn, rèn luyện y đức, đáp ứng nhu cầu chăm sóc sức khỏe cho người dân trong tỉnh nhà. Khoa Truyền Nhiễm còn là nơi tiếp nhận tất cả các bệnh nhân nặng từ các nơi trong tỉnh và các tỉnh lân cận chuyển đến như  Gia Lai, Phú Yên…Đặc biệt trong các vụ dịch lớn như Sốt xuất huyết, Cúm A H1N1, Bệnh tay chân miệng…tập thể khoa luôn trong tư thế sẵn sàng ứng phó và hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ.

Có nhiều đề tài khoa học cấp ngành, cấp Bệnh viện. Đề tài tham gia Hội nghị Nội khoa toàn quốc ở Bình Định, Hội nghị Khoa học Công nghệ toàn quốc ở Cần Thơ, Hội nghị Truyền Nhiễm toàn quốc ở Hà Nội, Hội nghị Khoa học Bệnh viện đa khoa Bình Định…

Ngoài việc điều trị các bệnh nhân nội trú với 55 giường bệnh, Khoa còn phụ trách phòng điều trị ngoại trú với trên 60 bệnh nhân HIV/AIDS. Công việc này đòi hỏi người thầy thuốc phải là những nhà tư vấn tốt, biết đồng cảm, chia sẻ, giúp đỡ những người mang căn bệnh thế kỷ đang bị xã hội xa lánh, kỳ thị, gia đình ruồng bỏ.

Cùng với sự tiến bộ trong kỹ thuật xét nghiệm sinh học phân tử của Khoa Vi sinh trong việc định lượng và xác định kiểu gen của virus viêm gan B, Khoa đã triển khai điều trị ngoại trú cho bệnh nhân viêm gan siêu vi B mạn, đã thu hút được rất đông các bệnh nhân trong toàn tỉnh đến để được tư vấn và điều trị thay vì trước đây phải chuyển viện vào thành phố Hồ Chí minh.

Hàng năm Khoa được nhận Bằng khen của UBND tỉnh Bình Định vì thành tích hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ, Bằng khen Bộ Y tế năm 2009 trong vụ dịch cúm A H1N1.